Hynek là một thành viên liên kết của Ban Robertson, khuyến nghị rằng UFO cần được hạ bệ. Tuy nhiên, một vài năm sau đó, ý kiến của Hynek về UFO đã thay đổi và ông nghĩ rằng chúng đại diện cho một bí ẩn chưa được giải quyết xứng đáng được xem xét kỹ lưỡng về mặt khoa học. Là nhà khoa học duy nhất tham gia nghiên cứu UFO của Chính phủ Mỹ từ đầu đến cuối, ông có thể đưa ra một viễn cảnh độc đáo về các Dự án Sign, Grudge và Blue Book.

Sau những gì ông mô tả là một khởi đầu đầy hứa hẹn với tiềm năng nghiên cứu khoa học, Hynek ngày càng bất mãn với Blue Book trong nhiệm kỳ của mình với dự án, chỉa các cáo buộc về sự thờ ơ, bất tài và nghiên cứu kém chất lượng của nhân viên Không quân. Hynek lưu ý rằng trong quá trình tồn tại của mình, các nhà phê bình đã đặt tên cho Blue Book "Hội Giải thích Những thứ không được điều tra" (The Society for the Explanation of the Uninvestigated).[34]

Blue Book nằm dưới sự lãnh đạo của Ruppelt, rồi tới Đại úy Hardin, Đại úy Gregory, Thiếu tá Friend, và cuối cùng là Thiếu tá Hector Quintanilla. Hynek đã có những lời tử tế chỉ dành cho Ruppelt và Friend. Về Ruppelt, ông viết "Trong những lần liên lạc với anh ta, tôi thấy anh ta trung thực và rất bối rối về toàn bộ hiện tượng này."[35] Về Friend, ông viết "Trong tất cả các sĩ quan mà tôi làm việc trong Blue Book, Đại tá Friend là nhận được sự tôn kính của tôi. Bất kể quan điểm riêng tư nào của mình, anh ta là một người có đầu óc thực tế toàn diện, và ngồi ở nơi anh ta có thể nhìn thấy bảng ghi điểm, anh ta nhận ra những hạn chế trong chức vụ của mình nhưng lại tỏ vẻ nghiêm trang và thiếu hoàn toàn giọng điệu khoa trương biểu thị đặc điểm như vài lãnh đạo khác của Blue Book."[36]

Ông hiểu rõ Quintanilla ở mức độ đặc biệt thấp: "Phương pháp của Quintanilla rất đơn giản: coi thường mọi bằng chứng phản bác lại giả thuyết của ông."[37] Hynek viết rằng trong nhiệm kỳ làm giác đốc Blue Book của Thiếu tá Không quân Hector Quintanilla, "lá cờ của trường phái vô nghĩa đang bay ở mức cao nhất trên cột buồm." Hynek kể rằng Trung sĩ David Moody, một trong những cấp dưới của Quintanilla, "điển hình hóa phương pháp kết án trước khi xét xử. Bất cứ điều gì anh ta không hiểu hoặc không thích ngay lập tức đều được đưa vào danh mục tâm lý, có nghĩa là 'người có suy nghĩ lập dị'". Hynek đã kể lại những trao đổi cay đắng với Moody khi người sau từ chối nghiên cứu kỹ về những vụ chứng kiến UFO, mô tả Moody là "bậc thầy của sự có thể: có thể là khinh khí cầu, có thể là máy bay, có thể là những con chim, sau đó trở thành, bằng tay của chính anh ta (và tôi đã tranh cãi dữ dội với anh ta đôi khi) có thể xảy ra".